Das zweite müsste doch auch eine Frage sein. Und "Sie" ist auch etwas zu höflich. "Was hast du gemeint? Etwa das/diese Sache?"
Ja, 'sie' passt nicht. Nein, あれか kann beides sein, ist hier aber eher keine Frage.
Das ist - wofür auch immer - ein grottenschlechtes Beispiel. Wenn あれか mit "Ach das" übersetzt wird, dann kann es definitiv keine Frage sein, was heißt hier "eher". Auch der intonatorische Verlauf wäre ein völlig anderer.
Derjenige, der den Eintrag erstellt hat, soll uns die Quelle nennen, damit man den Kontext hat.
Was? Was sagst du da? Was hast du (gerade) gesagt? 何だって［感］相手の言葉をとがめたり、問い返したりするときに発する語。なんだと。「何だって、もう一度言ってみろ」Die betreffende "Frage" ist hier eine rein rhetorische. あれか。, egal in welchem Satzmodus, macht hier gar keinen Sinn. Das sieht man ganz deutlich daran, dass 何だと？あの事？/。gar nicht geht. https: //kotobank.jp/word/何だって-590596 Wenn man so was wie "Wovon redest du da? Ach, davon.", dann so was wie jp. 何の事言ってんの？ああ、あの事。