shigoto de shokuji wo tabemasu.
shigoto ni conputa ga arimasu.
Hier ist NI = Ort an dem sich etw. befindet. und DE = Ort der Handlung.
shigoto ni O wo kangaete imasu = für die Arbeit denke ich über O nach.
NI gibt hier an, worauf die Handlung gerichtet ist.
shigoto de O wo kangaete imasu = auf/bei der Arbeit denke ich über O nach.
Also aus meiner Sicht geht beides, je nachdem, was man genau sagen möchte.