Ja, von der Bedeutung sind beide gleich. Ich denke, es ist nur eine persönliche Vorliebe, wann man was benutzt.
Vielleicht wie folgt.
そうですか Achso?/So ist das?/Ist es so?
そうなんですか/そうなのですか/そうなんだ Ach so ist das?/So ist das also?
Die erste Variante scheint mehr allgemein, und eher beiläufig gehalten.
Bei der zweiten scheint noch die vorher behandelte Tatsache mehr betont zu werden. Dadurch zeigt es etwas mehr Interesse, und klingt deshalb auch geringfügig höflicher.
Aber erstmal ohne große Gewähr, da ich ja kein japanischer Muttersprachler bin